Başvuru dosyası Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı tarafından ön incelemeden geçirilir, varsa eksik bilgilerin en geç 15 gün içerisinde tamamlanması istenir.
İşletme, 15 gün içinde bu bilgileri tamamlamakla yükümlüdür. Değerlendirme süreci, eksik bilgilerin tamamlanmasını takiben başlatılır.
Değerlendirme ve Denetim Komisyonu, Ar-Ge merkezi başvurusunu ve denetim dosyasını yerinde incelemek üzere ilgili teknolojik alanda uzmanlık ve deneyimi olan 3 hakem görevlendirir.
Hakemler, Ar-Ge merkezi başvurusunu veya denetimini yerinde ve dosya üzerinde, değerlendirme ve denetim kriterleri, Yönetmelik ve ilgili dokümanlar çerçevesinde inceleyerek raporunu hazırlar ve Değerlendirme ve Denetim Komisyonuna sunar
Başvurular en geç 2 ay, denetimler ise en geç 45 gün içinde Değerlendirme ve Denetim Komisyonu tarafından değerlendirilerek karara bağlanır. Kararın olumlu olması halinde sonuç Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı tarafından Maliye Bakanlığı, Sosyal Güvenlik Kurumu Başkanlığı ve başvuru sahibi işletmeye 7 gün içerisinde bildirilir.
Başvurusu uygun bulunarak Ar-Ge Merkezi Belgesi alan işletme, belgenin düzenlendiği tarihten itibaren Kanunda belirtilen şartlarla Kanunla sağlanan destek ve teşviklerden yararlanır.
Ar-Ge merkezleri en geç 2 yılda bir denetlenir.
Ar-Ge merkezi, yürüttüğü faaliyetlere ilişkin faaliyet raporunu her yıl belgenin verildiği takvim ayını izleyen ay içinde Bilim ve Teknoloji Bakanlığına gönderir.
Değerlendirme ve Denetim Komisyonu değerlendirmesi sonucunda, denetimde tespit edilen eksiklik ve ihlalin ölçüsüne göre 3 ay geçici durdurma veya Ar-Ge Merkezi Belgesi iptal edilebilir.
Ar-Ge Merkezi Belgesi iptal edilen işletmeler belgenin iptalini müteakip en erken 1 yıl sonra “Ar-Ge Merkezi Belgesi” başvurusu yapabilirler.